一个荧光蛋白的遗传变异广泛，功能几乎跨越整个可见光谱的荧光显微镜的荧光发射光谱剖面在过去几年已开发。在原来的水母蛋白的广泛突变的努力产生了新的荧光探针，从蓝色到黄色和一些体内记者分子生物学研究中使用较广泛的色彩范围。波长较长的荧光蛋白，橙色和红色光谱区域发光，已开发海洋的海葵Discosoma芨和珊瑚，属于类Anthozoa。还有一些物种已被开采产生类似的蛋白质，有青色，绿色，黄色，橙色，红色，和远红光的荧光发射。发展研究正在努力提高亮度和荧光蛋白的稳定性，从而提高他们的整体效用。

在广泛的显微镜的荧光蛋白光谱多样性的认识至关重要的发现迄今结构调查，立体的荧光性质和荧光性质及其周边环境的的影响。除了水母蛋白，似乎是一个变异的红移荧光蛋白的荧光团的高度。即使通过DsRed的荧光团的配置，称为平面顺，似乎是在发出橙色和红色区域的大多数蛋白质的主要结构，有至少有两个额外的图案，平面反式和非平面反，已鉴定通过X -射线衍射研究。红色荧光蛋白eqFP611 Entacmaea quadricolor孤立的，它显示一个较大的斯托克斯位移和自然发生的任何Anthozoan荧光蛋白的红移发射波长型材，被发现在一个平面的跨主题。相比之下，非平面反式构象的非荧光的Montipora efflorescens Rtms5 chromoprotein的特点。