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共焦点荧光显微镜与普通荧光显微镜相比，有一下优点：
1、多重染色
1)多重染色时，各染料之间的cross-talk较少。
2)可使用Cy5染料 Cy5的激发波长是645nm, 荧光emission波长是670-680nm, 人眼的可见光 波长是390-750nm.
2、Z轴上的分解能高。
1)可了解组织的3D结构。
2)可观查被染上荧光的物质在细胞里的分布：例如，是在细胞膜上还是在细胞核里。
3)即使组织标本较厚，也可获得鲜明的画像。
3、高画质
1)通过调节pin-hole，不但可提高Z轴上的分解能，也可提高X-Y轴上的分解能。
2)可以在光学和电子两个水平调节对比度，因此可以从低对比度组织标本，拍摄到高对比度的图像。
注意点：
(1)注意调节Koehler illumination
(2)与普通荧光显微镜一样，注意滤色镜的选择
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