原子力显微镜是新兴显微镜，仍然有一些带改进，但它是目前正在应用于深奥的学科，在电子，化学和生物等领域的广泛的研究

原子力显微镜，扫描电子显微镜（SEM）的优势。之一，原子力显微镜可以在周围的空气或液体环境功能，不像电子显微镜需要在真空中进行，所有探头。鉴于此，研究人员已经开始检测原子力显微镜的适用性研究在纳米尺度的生物体（例如，扫描和研究生物大分子,倒置生物显微镜，如DNA等等）。

一方面，原子力显微镜可以绘制三维图像;

但是SEM只可以提供一个二维图像或投影样品。

另一方面，一个原子力显微镜的主要缺点是它可以扫描的区域，它可以产生的图像分辨率。可以扫描电子显微镜以毫米为单位计量的面积;

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