萤光蛋白的应用对于生命科学的影响，犹如早年显微镜的发明对于生物学的影响。
17 世纪荷兰科学家李文霍克发明显微镜，使得人类可以看到细胞，从而了解细胞扮演的角色。而20世纪末，萤光蛋白的发现和应用，
使​​得、生命科学研究学者得以由分子层次的观点，研究细胞的代谢、恒定、反应、生长、繁殖等现象。

细胞的遗传分子—去氧核糖核酸（DNA）是所有生命现象的起点。DNA 扮演硬碟般的功能，能储存各种生命现象运作所需要的程式。一个基因相当于一个程式，
平时按特定的方式编排、储存在DNA 分子内。当有需要时，细胞就会把基因的开关—启动子（promoter）打开，使基因开始表现，透过转录及转译作用形成蛋白质。蛋白质在细胞内扮演十分多样的角色，有些能形成支架，维持细胞的结构；有些具有酵素功能，能够催化反应的进行来提供能量，以及合成各种细胞零组件—糖类、脂肪及核酸所需要的材料。有些蛋白质则是信息传递因子，能够维持细胞内的秩序。

细胞之所以能够正常地分化，以及维持正常的分裂速率，都和这些信息传递蛋白有关。细胞之所以癌化，能快速移转，同时无限制地增殖，
很多都和这些蛋白质信息传递因子的异常有关。由此可知，蛋白质对于细胞功能的维持十分重要。

如果能够了解细胞内的蛋白质是在什么情况下开始生产、产量多少、在什么地方生产、制造后被送到什么地方，
以及寿命多长，就可以了解细胞运作的模式，以及当它失控时，如何能造成癌症、老年痴呆症、糖尿病等疾病，而有助于新药的开发。
这也是为什么很多人认为绿色萤光蛋白（green fluorescent pro-tein, GFP）的研究成果，值得获得诺贝尔医学奖的原因。