菌丝结构的表面形状和微细结构分析图像显微镜
电子显微技术：
如利用扫描电子显微镜，能观察到微生物的三维立体形象，
使得真菌的孢子及菌丝结构的表面形状，将形态学的鉴定提昇层次。
而利用穿透式电子显微镜，可观察游走孢子及子囊的微细结构，
可明显显示各种相关种真菌的差异及关系。
菌丝或孢子等样品也可用超薄切片或冰蚀（freeze-etching technique）
等不同技术处理后，观察其内或外部的细微形态结构。
电泳技术：
带电粒子（如胶体粒子等）在电场中会往电荷相反的电极移动，
称为电泳（electrophoresis）。电泳的种类很多，
现在较常用于生物及微生物鉴定的是聚丙烯酰胺凝胶电泳（polyacrylamide gel electrophoresis, PAGE），
它兼有分子筛（molecular sieve）和电泳的双重作用，
能将不同蛋白质和酶等混合物，精细地将DNA片段分离出来，近年来采用此法，
除可鉴定真菌外，尚可用于细菌及线虫等方面的鉴定。
在电泳的过程中，带电荷的分子被放在电场中，
使得这些带电荷分子往正极或负极移动，这些分子会因为它们各自不同的电荷及大小而移动不同的距离，
藉此将它们分开，实际上，DNA片段的混合物常被放在一片做好的胶片的凹槽中。
胶体的浓度随着所欲分离的DNA片段就会朝着电极的一端移动
（带负电荷的DNA片段会朝向正极移动）。
每一个片段移动的速率会与它的分子量的对数值成反比，
因此这些片段可以依据其分子大小而被分开。一段简单的DNA可能只会产生几个亮带（band）
