以显微镜可以观察到的生物群有哪些？
土壤微生物
土壤微生物所指的是生活在土壤中，以显微镜可以观察到的生物群。例如：细菌（Bacteria）、放线菌（Actinomycetes）、黴菌（Molds）、酵母（Yeast）、藻类（Algaes）、病毒（Virus），及原生动物（Protozoa）等，也包括了微小的动物，如蚯蚓、昆虫等。此即构成在多变化土壤基质中生存的複杂微生物相。
土壤是由五种主要成分构成，包括有机物、矿物、水、空气及生活于其中的土壤微生物。而土壤微生物是有机物、氮及矿物元素等基质转变的重要角色，基质则影响微生物相的分布，其他如水、空气、温度等对土壤微生物的反应及其相的变化，亦有直接的影响。土壤的物理性质对于水分及空气的分佈有很大的关系，而其化学成分（无机盐、有机物）则为土壤微生物之养分，因此土壤环境不同时，可以影响到微生物的质与量。
各种不同的土壤环境直接影响到微生物的营养方式，例如：当光存在、水分多、碳源少的时候，会有光合菌及绿藻出现，产生氧气。而在无光、有水分及矿物质况下，则有铁、硫细菌的出现，此外还有化学异营菌（Chemoorganotroph）、化学自营菌（Chemolithotroph）等的营养方式。
土壤微生物藉各种反应，主要是完成自然界中碳及氮的循环。
不同土壤环境中微生物作用之例：一、森林土壤－森林土壤中落叶多，通常环境湿度大，有细菌、放线菌、黴菌、昆虫等微生物出现，形成一种複杂的生态系统，可以把土壤丰富的有机物分解，变成腐植质（Humus）。二、水田样的浸水土壤－在很稀薄的土壤溶液中，如有百分之一的有机物，而水不流动，成嫌气状态（Anaerobic Condition），于是由Desulfotomaculum样的还原菌把硫酸还原（SO4=→S=），使土壤变成黑色，数天后变为浅黑，再变为淡红至红色，当土壤变成红色时，即增加光合成细菌（Rhodopseudomonas SPP.）之增殖。再过几天当有机物质减少到百分之零点零三以下时，则土壤呈现绿色，即旺盛之绿藻繁殖，绿藻会于光合成中产生氧气，而红色光合成菌不产生氧气。这是缺氧或无氧下的土壤（如水田、水沟）碳的转变之典型例子。三、旱田中（如蔗园、大豆田）－在旱田中水分含量在保水力（Water Holding Capacity）三分之二以下时，土壤中呈氧化态，土壤中的铵（NH4+）进行一连串不同程度的氧化作用，铵（NH4+）→亚硝酸（NO2-）→硝酸（NO3-）。在这一连串过程中有多种的土壤微生物参与作用。土壤粒子中心在无氧的状态下，硝酸被脱氮而放出于大气中，而大气中的氮可被根瘤菌（Rhizobium SPP.）或固氮菌（Azotobacter）等固定。此即土壤中氮之转变，此过程是需要能量的，即有的靠土壤中之有机物、有的靠光合成来支持。
土壤微生物与人类之关系：上述土壤中微生物的作用，如腐殖质的形成、硝酸化、固氮等，均可增加土壤肥力。但作物连作时，可能会因土壤微生物生态改变而引起病害，此其害也。
较近所谓废物利用，在土壤利用方面，例如：把废物施于土壤，经过土壤微生物的分解，成为有利用于土壤肥力之物质。
