不同类型显微镜显微样品制备方法各不相同
显微观察的样品制备显微术的样品制备可以是很简单的如放置载
玻片，或复杂的如超薄切片或是在使用透射电子显微镜时安装铜格栅。
一般来说，样品制备的变化取决于观察的目的和所用显微镜的类
型。
可存活微生物通常是借助湿法安装（wet mount ）来观察。在这
里，细胞悬浮在水、盐水或其他液体媒质中，液体维持生存力并允许
细胞移动。湿法安装可以在一个有盖玻片的简单载玻片或是有特殊构
造的载玻片上完成。
例如，在后一种情况中，含有样品的液滴可以放置在玻璃盖玻片
上，然后将凹面朝下的载玻片放在盖玻片上。倒置盖玻片和载玻片，
液滴会悬挂在盖玻片上。因为凹面朝下，液滴不会受载玻片的影响，
这样会产生悬滴（hanging drop） 悬滴载玻片在监测细菌游动性方
面很有用。相差或DIC 显微镜经常使用湿法安装来使样品的对比度较
大化
尽管在湿法安装中可以确定形态，但这一般是比较困难的，这是
因为缺少样品和周围媒介之间的对比和细节，同时也因为微生物是运
动的。
另外一种观察形态和其它内部结构的方法是在载玻片中将样品固
定、染色。这样观察到的仅是非存活生物，这是因为固定和染色的过
程会杀死生物。细胞的固定是在载玻片上将细胞的液态悬浮物涂抹成
薄膜，在空气中晾干，制成涂片（smear ）。
然后将涂片在火上轻微加热几秒钟使其固定在载玻片上。用能看
见细胞细节的染料将涂片染色。有许多不同的染料供选择，但通常将
它们分为带正电荷的碱性染料（basic dye ）和带负电荷的酸性染料
（acidic dye）。带负电荷的细胞成分如核酸吸弓I 碱性染料，那些
带正电荷的如一些细胞膜成分，吸引酸性染料。
