样品的固定-取样后使用立体显微镜对样品筛选
根茎系统。部分岸边生植物(例如，桤木)中的一部分根茎系统自由
伸展在水中。这类植物的取样和苔藓类大型植物一样。其他水生双
子叶植物的根茎则深入到基质中。此种情况下，则需要将其根部以
上的梗切割下来，并拔出放置在抄网中。测量结果可表述成每尺植
物的无脊椎动物数量(或生物量)。
静水区域
上述大部分微生境都位于静水区域，因此可通过相同的方法进
行取样；但有时可能需要用浮游生物网对水柱进行取样。
定性取样
定量取样所使用的方法同样也可以用于定性取样，但定性取样
的测量结果表述没有限制。
样品的固定
较佳的方法就是在取样完成后立即对样品进行筛选。此时的生
物仍然为活体并容易识别，因为一般情况下这些生物还可以移动，
即使体型为1～2mm的生物也可很好地识别。如果确实无法进行上述
操作，则必须使用如10％甲醛的固定液将样品固定。在实验室中，
必须将多余的甲醛去掉(甲醛被认为具有致癌作用)，并将多余的甲
醛收集起来；然后将样品放置在和取样中所使用的抄网孔径一致的
筛子上进行清洗。随后，我们使用低放大率的光学显微镜对样品进
行筛选。在进行更加详细的鉴定之前，应将挑选出来的样品放置在
含有酒精(浓度至少应为70％)的器具中。
