免疫化学技术也经常被应用于荧光显微镜技术
在荧光显微技术中,特定的染色剂被细胞直接吸收,或者与细胞中的有机物发生化学反应,或者被特定的亚细胞器富集。免疫化学技术也经常被应用于荧光显微技术,因为荧光染料可以与活细胞膜中某些部位发生特异反应,所以利用荧光显微技术可以区分活细胞与死细胞。“存活但无法培养”的细胞在标准微生物培养基上无法生长,可用荧光显微技术进行观察。
荧光显微镜与明视野显微镜、相差显微镜不同,它以高压汞灯作为光源,串联滤片仅允许荧光基团所激发的特定光线进入光路。为了观察荧光,用第二个滤片分离出更明亮的激发光。在暗背景下,对比度更好。 较新的技术是共聚焦激光扫描显微技术(LSCM),它以一个或多个激光发射器作为光源,缩短了激发光谱的带宽,传统荧光显微技术的带宽为20~30nm,而现在提高为2~3nm。激光扫描速度快,可以开发成检测系统。LSCM的优点在于形成的图像清晰,便于观察内部精细结构,可形成三维立体图像。不过,这种系统十分昂贵。
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