研究的物种蛋白质结构、功能生物电子显微镜
蛋白质定性可能会包括结构、功能和遗传学的信息，要进行这样的
研究很可能会需要至少克级量的纯蛋白质。理想的纯化应当步骤少
、每步的回收率高，然而，如果每步的回收率差(<50％)，应当有
一些指标来表明是什么原因导致了活性损失，是因为追求纯度而丢
弃在其他组分中了，还是活性真的损失了。如果是后一种情况，终
产物的活性会低于总活性，尽管用标准分析会显示很好的同质性(h
omogeneity)。在每一步的回收率和纯化效果之间的选择会是一个
问题，取层析峰的一个窄截取(cut)峰会得到很纯的组分，但是在
另一方面也损失了大量的较低纯度的活性成分，在做这样的抉择时
，必须要遵循这样的准则：如果产量不重要，那么为了纯度而选择
低产量就合乎逻辑。
蛋白质纯化的原料
对于从事蛋白质纯化项目的许多人来说，原料是无法选择的，
他们正在研究某一特定的生物组织或器官，目的是从这种原料中纯
化某种蛋白质，但是仍然可以找到一些稍简单的方法。例如，如果
很难得到大量的原料，较好先用易得原料的物种进行试验，典型的
例子是：当所研究的物种是人时，由于实际情况和(或)道德的原因
而不容易得到组织样品。在这种情况下，通常到容易得到哺乳动物
组织的地方(如屠宰场)，使用牛、绵羊或猪的替代原料进行试验，
一旦设计出一种从替代原料中纯化蛋白质的方案，那么要研制一种
从人原料中纯化蛋白质的方案就会容易得多——使用完全相同的方
法就会取得满意的效果。在大约1亿年(这是将大多数高等哺乳动物
分类在一起的一个时间范围)间分化的物种之间，蛋白质含量的差
异十分微小，这样，来源于不同动物的蛋白质用各种分级分离的方
法分离时，其分离行为很可能相似。如用猪的组织设计出的一种方
案很可能只需要进行很小的修改就可以用在人的组织上。
另外主要关注蛋白质(特别是酶)的功能。在整个进化过程中，
通常情况下，哪些功能和作用是十分保守的?在这种情况下，对可
能的原料来源进行初步的筛选，较好也对文献进行初步的筛选，然
后再确定适合于研究目的的原料。
