激光荧光显微镜能够对较厚样品产生的聚焦图像
光学切片和3D图像
激光共焦荧光显微镜的特别之处在于能够对较厚样品产生的聚焦图
像进行光学切片测试。这是与透射电子显微镜以及其他传统的测试方法
相比的一个巨大优势。比如对于透射电子显微镜，其样品必须制备成对
电子束透明，一些大体块以及坚硬的材料，通常会借助金刚刀进行切割
，但是这样就破坏了材料本身。同样透射电子显微镜也无法实现三维成
像。
一般荧光显微镜对于薄样品可获得清晰的图像，但当样品较厚时，
物平面之外的荧光分子也会被激发，而这些光在像平面上是弥散的，因
而会干扰成像质量。
只有对紫外和荧光透明的样品才能获得三维图像。实际应用中，即
使是透明的样品，在激光共焦荧光显微镜下，当对样品较深的平面扫描
时，激光束的强度往往也会变得很弱。结果就是在这些区域的图像较暗
。
二维图像是从一个方向观测样品获得的(比如从顶部)，它们并不能
提供其他视角的信息(比如顶部、底部、侧面或斜面)。在得到样品所有
不同层面的二维扫描图像后，计算机软件可以通过将不同层面的光学切
片整合起来从而精确地进行三维图像构建。计算机强大的图片和数字图
像存储使得三维重建过程简单且快速。
