粒径、岩石、孔隙度和渗透分析光学显微镜
各种无机养分，譬如氮和磷，为生物合成的包括蛋白质、磷脂
和核酸在内的基本化学物质所必需。痕量金属，譬如钼、钴和铜，
则是关键酶中的重要组分。虽然这些无机种类为生命所必需，缺少
它们可能会抑制生物的降解，但是，支撑一个稳定的微生物生态系
统也只需要微量，因为这些元素能循环利用。
粒径和岩性
粒径、岩性、孔隙度和渗透率均能极大地影响微生物的活动
。一般而言，连通的岩石组构与致密的岩石组构相比可提供更好的
条件，它有利于养分的扩散和细菌的运动。譬如，Brooks等人(198
8)发现在加拿大西部稠油集聚区，粗粒岩性的储层与细粒储层的储
层相比有更强烈的生物降解。另一方面，McCaffrey等人(1996)指
出岩性并非是制约生物降解程度的唯一变数。在加利福尼亚Cymric
油气田中新世蒙特利(Monterey)原油中，他们发现生物降解程度的
等值线就穿越了岩性的边界。
大多数烃源岩是孔隙空间小于4μm且低达西渗透率的细粒岩石
。所以，大多数的烃源岩抽提物因有机质不易接近微生物而不曾经
历生物降解。显示生物降解证据的抽提物，譬如含有25一降藿烷，
通常来自那些破裂的、高渗透率的、受运移油浸染的岩石。当原油
被吸附在黏土表面时，可能会使其与微生物的攻击相隔绝。
在被油浸染的岩石中，如果它们的浓度低于饱和阈值就不会发
生生物降解。
细菌优先进入更加连通的岩石组构为微生物介入提高采油率提
供了潜力。在许多老油气田中，水驱法几乎已从高渗带剥离了所有
的原油。通过加入养分，可以促进微生物的生长，这就有可能堵住
这些高渗带，从而提升低渗产油带的油井注水强度，使其产出更多
的剩余油
