多数有机碳是在生物圈中持续循环-的地质微生物
化石燃料的地质微生物学
尽管多数有机碳是在生物圈中持续循环的，而有很大一部分却被束
缚在特定的沉积结构中，这种情况下的有机物将无法被微生物矿化，直
至因自然或者人为因素重新暴露在水中。同时，对空气的需求依赖于这
些碳元素所遇到的微生物，以及氧气以外这些微生物能够利用的电子受
体。受限制的有机碳存在形式多样。其化学还原程度与受限制的时间长
短有关，也和该过程中的其他变化相关。这类碳化合物的部分形态可以
作为工业及其他人类活动的燃料和能源，从而被开发利用。由于这些物
质年代久远遂被称为化石燃料。这些受限碳化合物的残余物质主要是油
源和沥青，可被人类转化成燃料。化石燃料包括甲烷气、天然气(主要
是甲烷)、石油、油页岩、煤炭和泥煤。通常认为它们的起源与生物相关
化石燃料的天然富集
地球表面碳化合物的主要形式为碳酸盐。这是一个主要的碳元素聚
集形式，其他形式则是无法被微生物直接矿化的有机碳化合物。碳酸盐
不是碳的绝对聚集形式，除非深埋在地下，因为它与溶解态的碳酸盐／
重碳酸盐以及空气中的二氧化碳有关，而这些化合物都与活的或死亡的
生物中的有机碳有密切的关系。碳元素从一种形式转化到另一种形式的
途径是受生物控制的
