沉积结构中甲烷多数生物产生-微生物显微镜
沉积结构中的甲烷多数是生物产生的。可能单独形成或者与煤炭、
石油共同生成。该生物形成过程是严格厌氧的，接着将其合并为乙酸。
乙酸接着被羧基化为丙酮酸盐，这是构建细胞结构的关键中间产物。产
甲烷菌有嗜温和嗜热的。
甲烷会被一类特殊的微生物氧化并同化，被称为甲烷营养型微生物
。该过程通常为好氧过程，尽管也存在甲烷厌氧氧化现象。至少有一种
能够厌氧消耗甲烷的微生物，属于硫酸盐还原菌。也发现少量产甲烷菌
在厌氧条件下氧化甲烷的现象。好氧甲烷营养型微生物的碳同化作用可
能经历了己糖单磷酸盐途径或者丝氨酸途径，在每种情况下，都是将甲
烷氧化成中间产物甲醛，进而被微生物同化。另外，两种途径的甲烷营
养途径都从CO2中获得部分碳元素。
泥炭是积累在沼泽中的植物残骸部分生物降解的结果。植物残骸中
的酶、真菌和一些细菌的好氧攻击引发了这一过程。接着，在沉积物不
断积累后细菌开始厌氧降解，直到被积累的废物所抑制，或缺乏水气等
等原因而停止。即使泥炭的形成经历了长久的地质年代，但在其中仍能
发现存活的微生物群落。煤炭的形成类似泥炭，除了在后期被埋藏的更
深，由物理和化学作用导致其从泥碳转变为煤炭。依据碳含量和热值的
明显不同，煤炭被分为不同的级别。仍然未知煤炭中是否包含着内源微
生物。
